Die Kirche wurde als Katholikon des Klosters Elegmi erbaut. Obwohl keine genauen Angaben zum Baujahr vorliegen, datieren Mango und Ousterhout das Bauwerk auf das 12. Jahrhundert, in die Zeit der Komnenos (Mango, 1968, 172 und Ousterhout, 1987, 32). Das Elegmi-Kloster, zu dem das Bauwerk gehört, stammt hingegen aus einer früheren Epoche. Mango führt verschiedene Quellen zur Geschichte des Klosters ab Beginn des 9. Jahrhunderts an, und in einer davon, die sich auf das Jahr 961 bezieht, wird der Name „Elegmi-Kloster“ erwähnt (Mango, 1968, 175). Im Jahr 1306 ging die Region in osmanische Herrschaft über. Im Jahr 1652 verlieh Patriarch Paisos I. dem Kloster den Status eines stauropegischen Klosters (das direkt dem Patriarchen unterstellt ist) (Mango, 1968, 176). Im 19. Jahrhundert wurde hingegen der Name „Kloster Agios Averkios“ (το Καθολικό της Μονής του Αγίου Αβερκίου) verwendet (Mango, 1968, 173). Mango (1968, 173) weist darauf hin, dass die Namensänderung möglicherweise darauf zurückzuführen ist, dass das Kloster nach dem Übergang der Region unter osmanische Herrschaft für eine gewisse Zeit verlassen und später unter einem neuen Namen wiederbelebt wurde.1

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