Emir Sultan Mescidi, 14. yüzyıl sonları ile 15. yüzyıl başlarında inşa edilmiştir ve aynı adla anılan kümbetin batı duvarına bitişiktir. Eski resmî kayıtlara göre mescit ve yanındaki türbe, Seyyid Ubeydullah bin Abdullah Emîr Sultan adına kayıtlıdır. Mescit, Hicrî 915 (Miladî 21 Nisan 1509–9 Nisan 1510) tarihli bir vakfiyeye bağlıdır.
Kuzey-güney doğrultusunda dikdörtgen planlı mescidin kuzey cephesi, arazi dolgusundan dolayı yol kotunun altında kalmıştır. Güney ve doğu duvarlarında mazgal pencereler, kuzeydoğusunda ise yarım sekizgen planlı bir mihrabiye yer alır. Mihrabın iki yanına sonradan nişler açılmıştır. Yapı, ahşap hatıllarla örtülmüş ve iki ahşap sütunla desteklenmiştir.
Kümbete geçiş, bir kapı yerine batı duvarına sonradan açılmış hacet penceresiyle sağlanmaktadır. Mescit ile kümbetin beden duvarları, kalınlık ve yapı tekniği bakımından farklılık gösterir. Kapı ve pencere sövelerinde yonu taş, diğer bölümlerde ise moloz taş kullanılmıştır. Herhangi bir kitabesi ve süslemesi bulunmayan yapı, 2015 yılında restore edilmiştir.
Vakfiye kayıtlarında Emir Sultan Mescidi için 260 kuruş aşar bedelinin vakıf geliri olarak tahsis edildiği belirtilmektedir. Aynı vakfiyede türbenin geliri ise ayrıca 367 kuruş olarak kaydedilmiştir.
