Seyyid Ömer Camii, kitabesine göre H. 896 (1490–1491) yılında Seyyid Ömer bin Fahreddin tarafından yaptırılmıştır. Baninin İstanbul’un fethi döneminde görev aldığı, daha sonra Sultan II. Bayezid devrinde sarayda arpa emini olarak hizmet ettiği aktarılmaktadır. İlk Osmanlı yapısının mimarisi hakkında ayrıntılı ve güvenilir bilgi sınırlıdır; bilinen, sonraki dönemlerde görülen kapalı son cemaat yerinin özgün yapıda bulunmadığı ve caminin zaman içerisinde çeşitli tamirler geçirdiğidir.
Cami, uzun süreli bakımsızlık ve yıpranma sonucunda harap hâle gelmiş; birkaç kez onarılmasına rağmen 1950’li yıllarda tarihî yapı yıkılarak yerine yeni bir cami yapılmıştır. Bu yapı da daha sonra ortadan kaldırılmış ve 1990’ların ortalarında tarihî camiyle mimari bakımdan doğrudan ilişkisi bulunmayan betonarme modern bir cami inşa edilmiştir.
