Elle a été construite en 1150 par les Croisés comme église de Jean-Baptiste sur les ruines des thermes romains. Elle fut transformée en mosquée par les Mamelouks en 1291. Un minaret a été ajouté à la structure en 1350. Construit dans le style roman, des portiques ont été ajoutés à l'entrée principale de l'édifice pendant la période du mandat français. Le bâtiment, endommagé pendant la guerre civile libanaise, a été restauré en 2004.