Hastane 1882 yılında kuruldu. Şehirdeki en eski hastanelerden, şehrin tek hristiyan hastanesi ve kanser hastanesidir.

Anglikan Cemaati Haber Servisi’ne göre, 14 Ekim 2023’te Doğu Saati ile 19:30’da hastanenin Tanısal Kanser Tedavi Merkezi İsrail roketleri tarafından hasar gördü, dört hastane personeli yaralandı ve üst katlardan ikisi ciddi şekilde hasar gördü; en çok etkilenenler ise mamografi ve ultrason bölümleri oldu. İsrail Savunma Kuvvetleri, BBC’nin bu saldırıyla ilgili sorularına yanıt vermedi.

17 Ekim 2023’te Gazze Savaşı sırasında Gazze Şehri’ndeki El-Ehli Arap Hastanesi’nin avlusunda bir patlama meydana geldi ve bunun sonucunda oraya sığınan çok sayıda yerinden edilmiş Filistinli hayatını kaybetti veya yaralandı. Uluslararası medya başlangıçta Gazze Sağlık Bakanlığı’na göre 500’den fazla Filistinlinin öldürüldüğünü bildirdi, ancak bu, yaralılar da dahil olmak üzere toplam 500’den fazla kurbandan bahseden bir raporun yanlış tercümesiydi. Gazze Sağlık Bakanlığı daha sonra 471 ölü ve 342 yaralı gibi daha kesin bir rakam bildirdi. İnsan Hakları İzleme Örgütü’nün bir raporu, Sağlık Bakanlığı’nın kayıp rakamlarını sorguladı. Hastaneyi yöneten Kudüs Anglikan Piskoposluğu 200 kişinin öldürüldüğünü bildirirken, ABD 100 ila 300 arasında bir rakam değerlendirdi. Patlamanın nedeni tartışmalıdır: İsrail, ABD, Fransa, Birleşik Krallık ve Kanada, istihbarat kaynaklarının patlamanın nedeninin Filistin İslami Cihadı’nın (PIJ) Gazze içinden fırlattığı başarısız bir roket olduğunu belirttiğini belirtti. Hamas ve PIJ, patlamanın bir İsrail hava saldırısı sonucu meydana geldiğini belirtti. Olaydan sonraki günlerde, Associated Press, CNN, The Economist, The Guardian ve The Wall Street Journal gibi çeşitli kuruluşlar, Gazze’den gelen başıboş bir roketin en olası açıklama olduğu sonucuna vardı. Le Monde ve New York Times, İsrail’in Gazze’den hastaneye isabet eden başıboş bir roketin kanıtı olarak gösterilen Al Jazeera ve N12 görüntülerine ilişkin yorumunu reddederken, diğer kanıtların bu hipotezle tutarlı olduğunu ve patlamanın nedeninin belirsizliğini koruduğu sonucuna vardı. Kasım 2023’te İnsan Hakları İzleme Örgütü, mevcut kanıtların bir İsrail hava saldırısının “son derece düşük bir ihtimal” olduğunu belirtti. Channel 4 News, Al Jazeera, ve araştırma grupları Earshot ve Forensic Architecture (FA) tarafından yapılan araştırmalar, patlamanın sorumlusunun hatalı ateşlenmiş bir Filistin roketi olduğu yönündeki İsrail iddialarını çürüttü. Forensic Architecture, 20 Ekim 2023 tarihli araştırmasında, patlamanın İsrail yönünden ateşlenen bir mühimmatın sonucu olduğu sonucuna vardı. Forensic Architecture tarafından Şubat ve Ekim 2024’te yayınlanan sonraki araştırmalar (ilki, İsrail’in hastaneye isabet ettiğini iddia ettiği Filistin roketlerinden oluşan bir yaylım ateşindeki her bir roketi 3 boyutlu olarak izliyordu ve ikincisi Dr. Ghassan Abu Sitta’nın yerinde tanıklığını içeriyordu ) hatalı roket fırlatma teorisine dair daha fazla şüphe uyandırdı.

Şubat 2024 itibarıyla El-Ehli Hastanesi %30 kapasiteyle çalışıyor ve %100 güneş enerjisiyle çalışıyordu. Dünya Sağlık Örgütü, Mart 2024’te El-Ehli’ye gelerek travma malzemeleri ve yakıt getirdi. Temmuz 2024’te hastane zorla kapatılıp boşaltıldı ve bu durum, Canterbury Başpiskoposu’nun “Yoğun İsrail bombardımanı karşısında, bu kapatma yaralı ve hasta insanları daha da büyük tehlikeye atıyor” açıklamasıyla kınanmasına yol açtı.

İsrail, 13 Nisan 2025’te hastanenin bir bölümünü bombalayarak acil servisini etkisiz hale getirdi. Saldırı, hastalar tahliye edildikten sonra gerçekleşti ve herhangi bir can kaybı bildirilmedi. Ancak Filistin İnsan Hakları Merkezi’ne göre, tahliye sırasında tıbbi bakımın kesintiye uğraması nedeniyle bir çocuk hayatını kaybetti.