İmparator Meiji’nin 1912’de ölümünden sonra Japonya Dieti Meiji Restorasyonu’ndaki rolünü anmak için bir karar aldı. Kurulacak tapınağın yeri olarak İmparator Meiji ve İmparatoriçe Shōken’in ziyaret ettiği bilinen Tokyo bölgesindeki süsen bahçesi seçildi. Tapınak resmi olarak 1920’de adanmış ve inşaatı 1926’da tamamlanmıştır.

Tapınak II. Dünya Savaşı sırasında Tokyo Bombardımanı’nda ağır zarar gördü. Savaştan sonra bir kamu fonuyla finanse edilerek yeniden inşaatına başlandı ve Ekim 1958’de tamamlandı.