Haçlı kilisesi, Selahaddin’in Kudüs’ü almasından sonra 588 H./1192–1193’te Şafiî medresesine çevrildi ve Selâhiyye Medresesi oldu. Bu işlev yüzyıllarca sürdü. 19. yüzyılda yapı Fransa’ya verildikten sonra tekrar kilise olarak kullanılmaya başlandı. En güzel kanıtı hâlâ kapının üstünde, Selahaddin’in medrese vakfını kaydeden 1192–1193 tarihli Arapça kitabe bugün kilisenin girişinde duruyor.