Die Horhor-Medrese-Moschee ist ein historisches Bauwerk, dessen genaues Baujahr und Stifter unbekannt sind. Aufgrund ihrer architektonischen Merkmale wird sie auf das 18. Jahrhundert datiert, in einigen Quellen sogar auf das letzte Viertel dieses Jahrhunderts. Dass Evliya Çelebi jedoch bei seinem Besuch in Van im Jahr 1655 die Horhor-Medrese erwähnt, deutet darauf hin, dass die hier ansässige Bildungseinrichtung bereits auf eine längere Geschichte zurückblickt. Ob die Medrese ursprünglich als eigenständiges Gebäude stand oder in welcher Beziehung sie zu der später errichteten Moschee stand, lässt sich nicht eindeutig feststellen.
Die rechteckig angelegte Moschee wurde aus behauenem Stein und Bruchstein errichtet und ist mit einem flachen Lehmdach mit Holztragwerk bedeckt. Im Mihrab-Bereich befinden sich Verzierungen aus Steinmetzarbeiten sowie eine Inschrifttafel mit sechs Kartuschen. Eine lesbare Bauinschrift ist heute nicht mehr vorhanden. In den Registern wird die Abbas-Ağa-Camii-Şerifi-Stiftung als Eigentümerin geführt.
Die Moschee und die Medrese gewannen Ende des 19. und Anfang des 20. Jahrhunderts durch die Bildungsaktivitäten von Bediüzzaman Said Nursi an Bedeutung. Es wird berichtet, dass Said Nursi zwischen 1897 und 1907 sowie zwischen 1912 und 1914 an der Horhor-Medrese Schüler unterrichtete. Insbesondere im Jahr 1912, als die Umsetzung des Medresetü’z-Zehrâ-Projekts erwartet wurde, wurde ihm die Horhor-Medrese zugewiesen, und er setzte dort seinen Unterricht fort. Das Gebäude wurde während des Ersten Weltkriegs im Zuge der ab 1915 andauernden Kämpfe und Besetzungen schwer beschädigt. Said Nursi berichtet, dass er seine ehemalige Medrese bei seiner Rückkehr nach Van im Jahr 1923 verbrannt und in einem ruinösen Zustand vorfand.
Bei den 2011 durchgeführten archäologischen Ausgrabungen in dem lange Zeit als Ruine verbliebenen Gebäude wurden originale Mauern, der Mihrab, der Bodenbelag und weitere architektonische Elemente freigelegt. Zudem wurden östlich der Moschee die Fundamente eines zweigeteilten, angrenzenden Gebäudes sowie im Norden verschiedene Mauerreste entdeckt. Es konnte jedoch nicht eindeutig geklärt werden, ob diese Nebengebäude zur Medrese gehörten. Daher bleibt unklar, ob die Bildungsaktivitäten der Horhor-Medrese im Innenraum der Moschee, in den angrenzenden Gebäuden oder in beiden gleichzeitig stattfanden.
Auf der Grundlage der Ausgrabungsfunde wurden in den Jahren 2012–2013 umfassende Restaurierungs- und Rekonstruktionsarbeiten durchgeführt; die eingestürzten Mauern und das flache Erddach wurden wieder aufgebaut, und die Moschee wurde am 12. Juli 2013 für den Gottesdienst wiedereröffnet. Das Gebäude, das Berichten zufolge 2019 aufgrund später auftretender technischer Probleme und Wassereinbrüche erneut geschlossen wurde, wurde nach den in den Jahren 2024–2025 durchgeführten Entwässerungs-, Dachreparatur- und Umgebungsgestaltungsarbeiten wieder für den Gottesdienst geöffnet.
