Horhor Medresesi Camii, kesin inşa tarihi ve banisi bilinmeyen tarihî bir yapıdır. Mimari özellikleri bakımından 18. yüzyıla, bazı kaynaklarda ise bu yüzyılın son çeyreğine tarihlendirilmektedir. Bununla birlikte Evliya Çelebi’nin 1655 yılındaki Van ziyaretinde Horhor Medresesi’nden söz etmesi, buradaki eğitim kurumunun daha eskiye uzandığını göstermektedir. Medresenin başlangıçta bağımsız bir yapıda mı bulunduğu, yoksa daha sonra inşa edilen camiyle nasıl ilişkilendiği kesin olarak belirlenememiştir.
Dikdörtgen planlı cami, kesme ve moloz taş malzemeyle inşa edilmiş olup üzeri ahşap taşıyıcılı düz toprak damla örtülüdür. Mihrap bölümünde taş işçiliğiyle oluşturulmuş süslemeler ve altı kartuşlu bir kitabelik bulunmaktadır. Günümüzde okunabilir bir inşa kitabesi mevcut değildir. Mülkiyeti kayıtlarda Abbas Ağa Camii Şerifi Vakfı’na ait gösterilmektedir.
Cami ve medrese, 19. yüzyılın sonları ile 20. yüzyılın başlarında Bediüzzaman Said Nursi’nin eğitim faaliyetleriyle önem kazanmıştır. Said Nursi’nin 1897–1907 ve 1912–1914 yılları arasında Horhor Medresesi’nde talebe yetiştirdiği belirtilmektedir. Özellikle 1912 yılında, Medresetü’z-Zehrâ projesinin hayata geçirilmesi beklenirken Horhor Medresesi kendisine tahsis edilmiş ve burada ders vermeye devam etmiştir. Yapı, Birinci Dünya Savaşı sırasında, 1915’ten itibaren yaşanan çatışma ve işgal sürecinde ağır biçimde tahrip olmuştur. Said Nursi, 1923 yılında Van’a döndüğünde eski medresesini yanmış ve harap halde bulduğunu aktarmaktadır.
Uzun süre harabe halinde kalan yapıda 2011 yılında gerçekleştirilen arkeolojik kazılarda özgün duvar, mihrap, zemin döşemesi ve diğer mimari elemanlar açığa çıkarılmıştır. Ayrıca caminin doğusunda bitişik, iki bölümlü bir yapının temelleri ile kuzeyinde çeşitli duvar kalıntıları tespit edilmiştir. Ancak bu ek yapıların medreseye ait olup olmadığı kesinleştirilememiştir. Dolayısıyla Horhor Medresesi’nin eğitim faaliyetlerinin cami hariminde mi, bitişik yapılarda mı, yoksa her ikisinde birden mi yürütüldüğü belirsizliğini korumaktadır.
Kazı bulgularına dayanılarak 2012–2013 yıllarında kapsamlı restorasyon ve rekonstrüksiyon çalışmaları gerçekleştirilmiş, yıkılmış duvarlar ve düz toprak dam yeniden inşa edilerek cami 12 Temmuz 2013 tarihinde ibadete açılmıştır. Daha sonra ortaya çıkan teknik sorunlar ve su sızıntıları nedeniyle 2019 yılında yeniden kapatıldığı bildirilen yapı, 2024–2025 yıllarında gerçekleştirilen drenaj, çatı onarımı ve çevre düzenleme çalışmalarının ardından tekrar ibadete açılmıştır.
