Bu medrese ilk kez h.872/m.1467’de kurulmuştur. Melik Zâhir el-Haşgûm’un emîri Hasan b. Tatar ez-Zahiri tarafından inşa ettirilmiş ancak inşaat tamamlanmadan vefat etmiştir. Ez-Zahirî, medresenin yönetimine sûfîleri ve din adamlarını tayin ederek Sultan Eşref Kayıtbay’a hediye etmiştir. Sultan Eşref Kayıtbay h.880/m.1475 yılında Kudüs’e yapmış olduğu ziyaret esnasında binayı beğenmeyip yıkılmasını emretmiştir. h.885/m.1480’de medrese tekrar inşa edilmiştir.

İçinde eskiden Hanbelîler tarafından kullanmış bir mescid ile iki kabir vardır ki bu kabirlerden birinin Şeyh El-Halîlî’nin kabri olduğu söylenmektedir. Günümüzde medresenin büyük bir kısmı “Aksa Şer’î Kız Lisesi” tarafından kullanılmaktadır. Bazı bölümleri Mescid-i Aksa’da el yazması belgelerinin onarım merkezi olarak kullanılmakta olup kalan
bölümleri ise Kudüslü aileler tarafından konut olarak kullanmaktadır. 2000 yılında Mescid-i Aksa İmar Komitesi ile Hayır Derneği adlı kurumlar tarafından medrese binasının kapsamlı restorasyonu gerçekleştirilmiştir.