Kilise ilk olarak 1887 yılında ahşap bir kilise olarak inşa edildi, ancak 1918 yılında yenilenerek şu anki yerine taşındı. 2018 yılında Kashigarashima’nın batı tarafı ile birlikte Dünya Mirası Listesi’ne kaydedildi. Nagasaki Bölgesi’ndeki Gizli Hıristiyan Mekanları Dünya Mirası Listesi’nin bir parçasını oluşturmaktadır.

Kashigaharashima, Edo döneminin sonlarına kadar ıssız bir adaydı, ancak gizli Hıristiyanlar adaya yerleşmeye ve topluluklar oluşturmaya başladı. Bu Hıristiyanlar çoğunlukla Nakadōri Adası ve Sotome’den gelen ve zulümden kaçan göçmenlerdi. 1873’te Hıristiyanlık yasağı kaldırıldıktan sonra kısa sürede bir kilise inşaatına başlandı. Adanın ilk kilisesi, yerel Hıristiyan lider Domingo Mori’nin evinde inşa edilen ahşap bir kiliseydi. Mimar Tetsukawa Yosuke, ada için bir taş kilise inşa etmekle görevlendirildi ve kiliseyi kendisi tasarladı. İnşaat 1910’da başladı, ancak fon yetersizliği nedeniyle gecikti. Adadaki birçok yerli, kilisenin daha hızlı tamamlanması için taş ocağında çalışmaya yardım etmeyi seçti. İnşaat 1919’da tamamlandı. Kilisenin benzersiz özellikleri nedeniyle 2001 yılında Önemli Kültürel Varlık olarak tescillendi. 2003 yılında kilisenin çevresi de Önemli Kültürel Varlık olarak tescillendi. 2018 yılında, Kashiragashima’nın batı tarafı ile birlikte “Kashiragashima Adasındaki Köyler” adı altında Dünya Mirası Listesi’ne kaydedildi. Bu bileşen, “göç yoluyla inançlarını korumak için gizli Hıristiyanların çabalarının kanıtı” olması nedeniyle Nagasaki Bölgesi’ndeki Gizli Hıristiyan Yerleri’nin bir parçası olarak kaydedildi. Dünya Mirası yönetim planının bir parçası olarak, Kashigaharashima Kilisesi, uluslararası ziyaretçilerin kilise hakkındaki bilgilere daha kolay ulaşabilmesi için Çince, Japonca, İngilizce ve Korece dillerinde dijital tabelalar yaptırdı.

Kashiragashima Kilisesi, Romanesk tarzında inşa edilmiş bir taş kilisedir. Kashiragashima’da çıkarılan kumtaşından inşa edilmiştir ve mimarı, Japonya’da tasarladığı birçok kilise nedeniyle “kilise mimarisinin babası” olarak anılan Yosuke Tetsukawa’dır. Rustikasyon tekniği kullanılarak inşa edilmiştir ve Nagasaki Prefektörlüğü’ndeki tek taş kilisedir. Kilisenin dış cephesinde vitray pencereler, tavanında ise Goto kamelyasından esinlenilen çiçek desenleri bulunmaktadır.

Kashiragashima Church — Wikipedia