Kızıl Mescit, aslında bir kiliseden camiye dönüştürülmüş yapıdır. Ne zaman inşa edildiği kesin olarak bilinmemekle birlikte, üzerindeki iki farklı kitabeden, 1507 ve 1863 yıllarında onarımlar gördüğü anlaşılmaktadır. İbadet mekânı, mihraba dik açıyla yerleştirilmiş üçer sütun sayesinde üç sahna ayrılmıştır. Altı silindirik mermer sütun, mekânı on iki bölüme bölerken, sivri kemerlerle hem birbirlerine hem de beden duvarlarına bağlanmaktadır. Kiliseden dönüştürülmüş olması sebebiyle mihrap, yapının ekseni üzerinde değil, biraz kaydırılmış biçimde konumlanmıştır.