Hacı Yunus Ağa Medresesi (veya Cafer Ağa Medresesi), Taş Köprü’nün yakınlarında bulunmaktaydı. 1924 yılında bölgenin arkeolojik zenginliklerini sergilemek amacıyla Adana Eski Eserler Müzesi’nin kurulmasına karar verilmiş ve müze binası olarak ilk etapta Cafer Ağa Medresesi uygun görülmüştü. Bir süre hizmet verdikten sonra yapının kullanılamayacak durumda olması nedeniyle yıkılmasına karar verilmiş, bunun ardından müzedeki eserler Aya Nikola Kilisesi’ne taşınmıştı.