Harput Kızıl Kilisesi, evvelce ahşap bir yapı iken M. 1850 (H. 1266) tarihinde mahallî hükümetten alınan ruhsat ile ahşap bina yıktırılmıştır. Bu süreçte kilisenin etrafında bulunan birçok Ermeni evi, kiliseye teberru suretiyle mal edilmiş ve bu durumun ardından muazzam bir kâgir bina olmak üzere, belirlenen plan dâhilinde inşaata başlanmıştır.

Yapı, doğu–batı doğrultusunda uzanan, kareye yakın dikdörtgen planlı ve beş nefli bir plan şemasına sahiptir. Nefler, apsise dik doğrultuda uzanan ve birbirlerinden sütun ya da ayak dizileriyle ayrılmış uzunlamasına mekânlardan oluşmaktadır. Neflerin izleri doğu iç cephede görülmektedir. Yapıda herhangi bir süsleme öğesi bulunmamaktadır.

Kilise günümüze büyük oranda yıkılmış olarak ulaşmıştır. Doğu cephesi ayakta olup, kuzey ve güney cephe duvarları kısmen görülebilmektedir. Batı cephesi ise tamamen yıkılmış durumdadır.

Tapu kaydına göre kilise arazisinin yeri Elazığ İl Özel İdaresine aittir. Kızıl Kilise için Elazığ Belediyesi KUBEB tarafından rölöve, restitüsyon ve restorasyon projeleri çizilmiş; restorasyon öncesi kazı ve harfiyat çalışmaları yapılarak yapının ayağa kaldırılmasına yönelik çalışmalar Elazığ Belediyesi tarafından başlatılmıştır. Hazırlanan rölöve, restitüsyon ve restorasyon projeleri Diyarbakır Kültür ve Tabiat Varlıklarını Koruma Bölge Kurulu onayına sunulmuştur.