Die Atatürk-Villa wurde zwischen 1906 und 1910 im Stadtteil Soğuksu in Trabzon vom dort ansässigen griechisch-türkischen Kaufmann Konstantin Kabayanidis/Kostas Kapagiannidis als Sommerresidenz errichten lassen. Das Grundstück, auf dem die Villa errichtet wurde, wurde 1905 erworben; nachdem 1906 die offizielle Genehmigung des Osmanischen Reiches eingeholt worden war, wurde mit dem Bau begonnen, der 1910 abgeschlossen wurde. Es wird angenommen, dass Raimando D’Aranco der Entwerfer war; die Fertigstellung des Bauwerks erfolgte offenbar unter der Leitung des einheimischen Architekten Aleksadr Kakulidis. Die Villa, die zu den seltenen Beispielen des Jugendstils in Anatolien zählt, ist dreistöckig auf einem Kellergeschoss errichtet und nach dem Grundriss eines Hauses mit zentralem Salon angelegt. Die formalen Rundungen und massiven Vorsprünge an der Veranda sowie im östlichen Eingangsbereich sind die Hauptmerkmale des Jugendstils, die sich im Grundriss widerspiegeln.
Die Hauptbaustoffe der Villa sind Quadersteine und Bruchstein, Mauerziegel und Holz. Das Tragwerk wurde in Massivbauweise errichtet. Bei den während der letzten Restaurierung durchgeführten Abtragungsarbeiten wurde festgestellt, dass dem als Bindemittel verwendeten Kalkmörtel unter dem Sieb verbleibender schwarzer Sand sowie Flachsstroh beigemischt wurden. In der Formensprache des Bauwerks treten ovale und elliptische Formen, Abstufungen, nach innen und außen gewölbte Flächen, horizontale und vertikale Kontraste, der Gegensatz zwischen offenen und geschlossenen Räumen sowie Effekte von Bewegung und momentaner Dynamik hervor. Diese Merkmale zeigen sich auch in den Fassadendetails als charakteristische Elemente des Jugendstils.
Die Nordfassade, die als Vorderseite des Pavillons gestaltet ist, zeichnet sich durch die elliptischen Treppen, die die Veranda umgeben, die aus dem Hauptbaukörper herausragende Veranda, die abgestufte Terrassenetage mit ihren aus dem neugotischen Stil übernommenen, abrupt ansteigenden Linien sowie der Vordachbogen, der eine parallele Beziehung zu dem im Jugendstil gehaltenen Rundbogen herstellt. Die durch das Spiel mit den Formen der Außenfassaden erzeugte Dynamik und Ästhetik wurde auch im Dekorationskonzept der Innenräume fortgeführt. Auf den Fußböden der separaten Räume wurden Mosaikfliesen, an den Wänden der Nassräume Keramik, an den Decken Stuck und Holzverkleidungen sowie an den Fenstern mit der Oberflächenätztechnik hergestellte Buntglasverzierungen verwendet.
Die Villa wurde als Sommerresidenz im Stadtteil Soğuksu erbaut, der sich im Südwesten des Stadtgebiets von Trabzon auf einer Höhe von etwa 250 m über der Stadt befindet. Sein Stifter, Konstantin Kabayanidis, wurde 1868 in Trabzon als zweites Kind des aus der einheimischen griechischen Bevölkerung Trabzons stammenden Kaufmanns Grigoris Kapagiannidis (1836–1907?) und Domna Amirogli (1843–1935) als zweites Kind im Jahr 1868 in Trabzon geboren. Zu der Zeit, als Konstantin geboren wurde, hatte sein Vater sein kleines Großhandelsgeschäft zu einem großen Unternehmen ausgebaut. Konstantin Kabayanidis, der zu Beginn des 20. Jahrhunderts die Leitung des Unternehmens übernahm, gründete 1904 gemeinsam mit seinem Vater und seinem Bruder die Kapagiannidis-Bank in dem Gebäude, das später als altes PTT-Gebäude von Trabzon genutzt wurde. Kabayanidis, der auch im internationalen Seehandel tätig war, leitete verschiedene Stadtentwicklungsprojekte im Stadtzentrum von Trabzon ein. Die Tatsache, dass er neben der griechischen Staatsangehörigkeit auch russischer Staatsbürger war, erleichterte seine Import- und Exportgeschäfte; auf diese Weise konnte er Baumaterialien aus verschiedenen Ländern der Welt beschaffen. Kabayanidis geriet während des Ersten Weltkriegs in eine schwierige Phase und verstarb im Jahr 1915.
Die Familie Kabayanidis stand sowohl in familiärer Verbindung als auch in Feindschaft zur Familie Kostaki, der Stifterin des Kostaki-Anwesens, das heute als Museum von Trabzon genutzt wird. Die Familie Kostaki hatte zuvor im Ortsteil Soğuksu eine Villa errichten lassen und eine Zufahrtsstraße zu dieser Villa anlegen lassen. Obwohl die von Kabayanidis errichtete Atatürk-Villa sich in unmittelbarer Nähe der Villa der Familie Kostaki befand und durch eine kurze Verlängerung der Straße der Kostakis erreichbar gewesen wäre, nutzte Kabayanidis diesen Weg nicht, sondern ließ die längere westliche Straße anlegen.
Gemäß den Bestimmungen zum Bevölkerungsaustausch des 1923 unterzeichneten Vertrags von Lausanne wurde die Villa an den Staat übertragen. Gazi Mustafa Kemal Atatürk besuchte die Villa während seines Besuchs in Trabzon im Jahr 1924 und war von dem Bauwerk sehr angetan. Daraufhin beschloss die Bevölkerung von Trabzon im Jahr 1926, das Anwesen Atatürk zu schenken; die Übertragung des Eigentums erfolgte jedoch erst 1931. Atatürk hielt sich auch bei seinen Besuchen in Trabzon in den Jahren 1930 und 1937 in dem Anwesen auf und verfasste hier eines seiner Testamente.
Nach Atatürks Tod ging das Eigentum an der Villa an seine Schwester Makbule Boysan über. Das Gebäude wurde 1943 von der Stadtverwaltung gegen Bezahlung erworben und in ein Museum umgewandelt. Das Herrenhaus erlitt während der in den Jahren 1955, 1963 und 2005 durchgeführten, wissenschaftlich unsachgemäßen Restaurierungsarbeiten erhebliche Schäden; durch die im Jahr 2023 durchgeführte umfassende und fachgerechte Restaurierung wurden die durch diese Eingriffe verursachten Probleme behoben.
