Atatürk Köşkü, Trabzon’un Soğuksu Mahallesi’nde 1906–1910 yılları arasında, Trabzon’un yerli Rumlarından tüccar Konstantin Kabayanidis/Kostas Kapagiannidis tarafından sayfiye evi olarak inşa ettirilmiştir. Köşkün yapıldığı arazi 1905 yılında satın alınmış, 1906 yılında Osmanlı Devleti’nden resmî izin alınmasının ardından inşaata başlanmış ve yapı 1910 yılında tamamlanmıştır. Proje müellifinin Raimando D’Aranco olduğu düşünülmekte, yapının yerli mimar Aleksadr Kakulidis’in yürütücülüğünde tamamlandığı anlaşılmaktadır. Anadolu’daki art nouveau üslubunun nadir örneklerinden olan köşk, bodrum üzerine üç katlı ve orta sofalı ev planında düzenlenmiştir. Veranda ile doğu giriş holündeki biçimsel eğrilmeler ve kütlesel çıkıntılar, art nouveau üslubunun plana yansıyan başlıca özellikleridir.
Köşkün ana yapı malzemeleri kesme ve moloz taş, yığma tuğla ve ahşaptır. Taşıyıcı sistem yığma inşa tekniğinde kurulmuştur. Bağlayıcı olarak kullanılan kireç esaslı harcın içerisine elek altı kara kum agregası ile keten kıtığı katıldığı, son restorasyon sırasında yapılan raspa çalışmalarında görülmüştür. Yapının kütle kompozisyonunda oval ve eliptik biçimlenmeler, kademelenmeler, iç ve dış bükey yüzeyler, yatay ve dikey karşıtlıklar, açık ve kapalı alan karşıtlığı, devinim ve anlık hareketlenme etkileri öne çıkar. Bu özellikler cephe ayrıntılarında da art nouveau üslubunun belirgin unsurları olarak görülür.
Köşkün frontal yüzü olarak düzenlenen kuzey cephesi, verandayı çevreleyen eliptik merdivenleri, ana kütleden dışarı taşırılmış verandası, neogotik üsluptan alınan ani yükselim çizgilerine sahip kademeli teras katı ve art nouveau karakterli beşik kemer yayıyla paralel ilişki kuran sundurma kemeriyle biçimlenmiştir. Dış cephelerde formların biçimleriyle oynanarak oluşturulan hareket ve estetik anlayış, iç mekân süsleme programında da sürdürülmüştür. Bağımsız mekânların taban döşemelerinde karo mozaik, ıslak hacimlerin duvarlarında seramik, tavanlarda alçı ve doğrama, camlarda ise yüzey aşındırma tekniğiyle hazırlanmış vitray bezemeler kullanılmıştır.
Köşk, Trabzon şehir yerleşkesinin güneybatısında, şehirden yaklaşık 250 m yüksekte bulunan Soğuksu Mahallesi’nde bir sayfiye evi olarak yaptırılmıştır. Banisi Konstantin Kabayanidis, Trabzon’un yerli Rum halkından tüccar Grigoris Kapagiannidis (1836–1907?) ile Domna Amirogli’nin (1843–1935) ikinci çocuğu olarak 1868 yılında Trabzon’da doğmuştur. Konstantin’in doğduğu dönemde babası, işletmekte olduğu küçük toptancı iş yerini büyük bir şirkete dönüştürmüştü. 20. yüzyılın başlarında şirketin idaresini devralan Konstantin Kabayanidis, babası ve kardeşiyle birlikte 1904 yılında Kapagiannidis Bankası’nı, daha sonra Trabzon Eski PTT binası olarak kullanılan yapıda kurmuştur. Uluslararası deniz ticaretinde de faaliyet gösteren Kabayanidis, Trabzon kent merkezinde çeşitli imar çalışmalarına girişmiştir. Rum uyruğunun yanı sıra Rus vatandaşı olması, ithalat ve ihracat faaliyetlerini kolaylaştırmış; bu sayede dünyanın farklı ülkelerinden inşaat malzemeleri getirtebilmiştir. Birinci Dünya Harbi yıllarında sıkıntılı bir döneme giren Kabayanidis, 1915 yılında hayatını kaybetmiştir.
Kabayanidis ailesi, günümüzde Trabzon Müzesi olarak kullanılan Kostaki Konağı’nın banisi Kostaki ailesiyle hem akraba hem de hasım durumundaydı. Kostaki ailesi daha önce Soğuksu mevkiinde bir köşk yaptırmış ve bu köşke ulaşan bir yol açtırmıştı. Kabayanidis’in yaptırdığı Atatürk Köşkü, Kostaki ailesinin köşkünün hemen yakınında bulunmasına ve Kostakilerin yoluna kısa bir ilave yapılarak ulaşılması mümkün olmasına rağmen Kabayanidis bu yolu kullanmamış, daha uzun olan batı yolunu açtırmıştır.
1923 yılında imzalanan Lozan Antlaşması’nın mübadele hükümleri uyarınca köşk hazineye devredilmiştir. Gazi Mustafa Kemal Atatürk, 1924 yılındaki Trabzon ziyareti sırasında köşke gelmiş ve yapıyı çok beğenmiştir. Bunun üzerine Trabzon halkı 1926 yılında köşkü Atatürk’e hediye etme kararı almış, ancak mülkiyetin devri 1931 yılında gerçekleşmiştir. Atatürk, 1930 ve 1937 yıllarındaki Trabzon ziyaretlerinde de köşkte bulunmuş ve vasiyetlerinden birini burada yazmıştır.
Atatürk’ün ardından köşkün mülkiyeti kardeşi Makbule Boysan’a geçmiştir. Yapı 1943 yılında belediye tarafından bedeli ödenerek satın alınmış ve müzeye dönüştürülmüştür. Köşk 1955, 1963 ve 2005 yıllarında gerçekleştirilen bilimsellikten uzak restorasyonlar sırasında önemli tahribatlara uğramış, 2023 yılında gerçekleştirilen kapsamlı ve nitelikli restorasyonla bu müdahalelerin yol açtığı sorunlar düzeltilmiştir.
