Medreseyle ilgili birçok yazılı kaynaklarda; Ahmet Şemsettin Efendi medresesi, caminin avlusunda denk gelen yerlerde gösterilmiştir. Caminin alt kısmında bulunan kemerler, medresenin toprak altında kalan bölümü olarak kabul edilmiştir. 1970 ve 1980 li yılların başında caminin onarım çalışmalarında kazılarak ortaya çıkarılmış olan bugün açıkta görülebilinen ve yol kotu altında bulunmakta olan yuvarlak kemerli bu alt yapı eski bir Bizans dönemi kilisesi olan Canalıcı Kilisesine aittir. Burası caminin tekkelik döneminde (18. yüzyılın son çeyreği ile 19. yüzyılın başları) çilehane olarak kullanılmıştır.

✶ Medya