Emir Sultan Türbesi, mimari özelliklerinden hareketle 14. yüzyılın ilk yarısına tarihlendirilmektedir. Yapının kitabesi bulunmamakla birlikte, giriş eyvanı gibi mimari unsurları, bu dönemde inşa edilmiş olduğunu göstermektedir. Eski resmî kayıtlara göre türbede Seyyid Ubeydullah bin Abdullah Emir Sultan yatmaktadır.
Kare planlı olarak düzenlenen türbe, giriş eyvanıyla dikkat çekmektedir. Üst örtü içeriden kubbe, dışarıdan ise piramidal külahla tamamlanmıştır. Yapıda mumyalık bölümü bulunmamaktadır. Girişin yer aldığı kuzey cephe yüksek tutulmuş, böylece kubbe kasnağı dışarıdan gizlenmiştir. Doğu duvarında bir, güney ve batı duvarlarında ise küçük pencereler açılmış; ayrıca kasnakta da kuzey hariç her cepheye birer pencere yerleştirilmiştir.
Ön cepheyi profilli bir çerçeve kuşatmakta ve bu çerçevenin içine büyük bir sivri kemer işlenmektedir. Kasnağı gizleyen kalkan duvarının üzerine daha sonraki bir dönemde köşk minare eklenmiştir. Türbeye giriş, kuzey cephenin ortasında bulunan taç kapıdan sağlanmaktadır. Bu taç kapı, bezemesiz 9 bordürle sınırlandırılmış olup kapı açıklığı yuvarlak kemer biçiminde düzenlenmiştir. Giriş cephesinde, taç kapının doğusunda bir mihrap yer almaktadır.
İç mekân kare ölçülere sahiptir. Kubbe kasnağına geçiş, yelpaze biçiminde süslenmiş tromplarla sağlanmıştır. Güney duvarındaki pencere sonradan kapatılarak mihraba dönüştürülmüştür.
Yapıya ilişkin arşiv belgelerine 16. yüzyıldan itibaren rastlanmaktadır. Türbe, Hicrî 915 (Miladî 21 Nisan 1509–9 Nisan 1510) tarihli bir vakfiyeye bağlıdır. Bu kayıtlardan türbenin bulunduğu yerin Emir Sultan Mahallesi olarak anıldığı ve Hoca İzzeddin Mescidi vakıflarından gelir elde ettiği anlaşılmaktadır. Vakfiye kayıtlarında, mescidin gelirinden ayrı olarak doğrudan türbeye tahsis edilmiş 367 kuruşluk aşar bedeli bulunduğu da belirtilmektedir.
Türbede dikkat çekici bir süsleme unsuru bulunmamaktadır. Cephelerde, külah kısmında ve köşelerde kesme taş, duvarlarda ise moloz taş kullanılmıştır. Kitabesi bulunmayan yapı, plan ve mimari özellikleriyle Kayseri’deki benzer örneklerle birlikte değerlendirildiğinde 14. yüzyılın ilk yarısına tarihlendirilmektedir.
