Khalkoprateia Theotokos Kilisesi’nin bulunduğu alanda daha önce bir sinagog bulunduğu Bizans kaynaklarına dayanarak ileri sürülse de, arkeolojik araştırmalarda kilisenin altında daha eski bir yapıya ait kalıntı tespit edilmemiştir; Kilise, fetihten yaklaşık 30 yıl sonra, 1484 civarında Arpa Emini Lala Hayrettin tarafından mescide dönüştürülmüştür. Ancak bütün bazilika camiye çevrilmemiş; büyük ölçüde harap durumdaki kilisenin apsis ve ona bitişik doğu bölümü kullanılarak Lala Hayrettin Mescidi oluşturulmuştur. Günümüzde de cami esas olarak Khalkoprateia Kilisesi’nin apsis alanını işgal etmektedir.
1755 yangını ve 1756 depreminde zarar gören yapı, Mehmed Said Paşa’nın emriyle 1756’da onarılmıştır. 1937’de harap hâle gelen camide 7 Kasım 2019’da restorasyon ve rekonstrüksiyon çalışmalarına başlanmış, çalışmalar 22 Aralık 2022’de tamamlanarak yapı yeniden ibadete açılmıştır.
