Şerefiye Medresesi, caminin güney tarafında konumlanmış olup kuzey-güney doğrultusunda dikdörtgen bir alana oturtulmuştur. Yapının doğu kanadı iki katlıdır; alt katta yola açılan beşik tonoz örtülü beş dükkân, üst katta ise üzerleri kubbe ile örtülü, kare planlı beş medrese odası yer almaktadır. Bu odaların her biri dışa açılan dikdörtgen açıklıklı bir pencere ile aydınlatılmıştır.

Kuzey cephesinin ortasında dışa çıkıntı yapmayan, eyvan biçiminde düzenlenmiş bir taçkapı bulunmaktadır. Buradan giriş eyvanına, oradan da doğu-batı doğrultusunda küçük tutulmuş dikdörtgen planlı avluya ulaşılmaktadır. Avlunun güneyinde ana eyvan, onun iki yanında ise daha dar eyvanlar sıralanmıştır.

Batı kanadında ortada dikdörtgen planlı, beşik tonozla örtülü bir oda bulunmakta; bu odanın güneyinde kubbeli bir mekân, kuzeyinde ise ikişer kubbeli kare planlı odalar yer almaktadır. Her iki kanatta ortadaki odalara avludan, yanlardaki ikişer odaya ise koridorlardan birer kapı ile geçilmektedir. Batı cephesinin kayalıklara yaslanması nedeniyle pencere açılmamış, doğu cephesi ise düzenli pencerelerle hareketlendirilmiştir. Üst örtü düz dam şeklinde olup odalara ait bacalarla batı kanadının ortasındaki tepe penceresi dışarıya yansımaktadır. Düzgün kesme taş işçiliği ile inşa edilen medrese, süslemeden uzak, sade ve yalın bir mimarî kimlik taşımaktadır.