Caminin isminin aldığı Şeyh Fethullah; Halife Hz. Ebubekir soyundan gelmektedir. Hicri 971 (Miladi 1564) tarihinde yapılmıştır. Harim, ortada sekizgen taş ayağa oturan ve yelpaze şeklinde açılan tonozlarla, askı kemerlere bağlanan bir örtü sistemine sahiptir. Bu tür örtü sistemi Şeyh Fethullah Camii dışında başka bir camide görülmemiştir. Camiderenkli taş işçiliği bakımından Memluk sanatının etkileri görülmektedir. Tek şerefeli bodur minaresi vardır. Şeyh Fethullah Camii zaviyesi, kasteli, medresesi ve hamamıyla bir külliye olarak inşa edilmiştir.

6 Şubat 2023 depremi ile hasar gören yapılar arasındadır.