Ala Camii, Roma, Bizans ve Türk-İslam medeniyetlerine ait yapı katmanlarıyla dikkat çeken çok işlevli bir tarihî yapıdır. Arkeolojik kazılar, yapının ilk evresinde bir Bizans kilisesi olarak inşa edildiğini, 15. yüzyıldan itibaren ise cami olarak kullanılmaya başlandığını ortaya koymuştur.

Yapı, ilk inşa evresinde mozaik zeminli bir kilise olarak tasarlanmış, alt kısmına ise bir krypta (mezar odası) eklenmiştir. Arkeolojik kazılar sonucunda, kuzey ve batı bölümlerinde revaklarla çevrili mozaikli alanlar, doğu ve güneyde ise üstü açık mozaikli avlu bölümleri ortaya çıkarılmıştır. Araştırmacı Bayliss, yapının bu ilk evresinde bir manastır kompleksi olarak hizmet verdiğini ve olasılıkla Hristiyanlar için bir hac merkezi işlevi gördüğünü ileri sürmektedir. Yapı, 15. yüzyılda Dulkadiroğlu Kasım Bey tarafından minare ve mihrap eklenerek camiye dönüştürülmüş ve bu tarihten itibaren “Alaüddevle Mescidi” olarak anılmaya başlanmıştır. Zamanla halk arasında “Ala Camii” adıyla yerleşmiş ve günümüze bu isimle ulaşmıştır.

I. Evre – Erken Bizans Dönemi (4.–7. yy):
Bu dönemde yapı, mozaik zeminli bir platform üzerine inşa edilmiş ve temellerinde devşirme Roma dönemi mimari malzemeleri kullanılmıştır. Yapıya dört basamaklı bir merdivenle ulaşılmakta, bu da mimarideki kademeli geçişleri göstermektedir. Doğu-batı doğrultusunda konumlanan apsisli ana mekân, yapının bir kilise işlevi taşıdığını göstermektedir. Güneydoğu bölümünde tespit edilen, ince tesseralardan oluşan mozaiklerle kaplı su yapısı ise buranın bir nymphaion (kutsal çeşme anıtı) olabileceğini düşündürmektedir. Ayrıca, arazinin yapısına uygun olarak farklı kotlarda yerleştirilmiş avlular ile bu alanları çevreleyen revak düzenlemeleri, kompleksin çok işlevli bir kullanım planına sahip olduğunu ortaya koymaktadır.

II. Evre – Orta Bizans Dönemi (9.–11. yy):
Bu evrede yapı önemli bir plan değişikliği geçirmiş ve bazilikal düzenden tek nefli bir şapele dönüştürülmüştür. Apsis bölümü bir duvarla kapatılmış, iç mekâna ise yeni bir sütun dizisi yerleştirilerek mekânın kullanım biçimi yeniden kurgulanmıştır. Bu değişim, yapının dinsel işlevinin daha küçük ölçekli, muhtemelen özel ibadet alanı olarak sürdürüldüğünü düşündürmektedir.

III. ve IV. Evre – Dulkadiroğulları ve Osmanlı Dönemi (15.–18. yy):
İslamî dönemde yapı, işlevsel bir biçimde yeniden düzenlenmiştir. Kuzey kısmına iki bölümlü bir sarnıç eklenmiş, doğusunda tespit edilen künk sistemi ile su bağlantısı sağlanmıştır. Sarnıcın güney duvarında yer alan “Kelime-i Tevhid” ve “duhul” (giriş) yazıları, yapının Osmanlı döneminde de aktif olarak kullanıldığını göstermektedir. Ayrıca güneybatı kesiminde bir seramik fırını tespit edilmiş, çevresinde açılmış çok sayıda çöp çukurunun, bu üretim faaliyetinin atıklarını depolamak amacıyla oluşturulduğu anlaşılmıştır. Bu unsurlar, yapının sadece ibadet değil, aynı zamanda üretim ve gündelik yaşamla iç içe bir kompleks olduğunu ortaya koymaktadır.