Karamanoğlu beylerinden Emir Musa Bey tarafından yaptırılmıştır. 1927 yılında yıktırılmıştır.

Bugün artık varlığı tamamen ortadan kalkmış olan Larende (Karaman)’deki Emir Musa Medresesi ile Karamanoğlu Burhaneddin Musa’nın hiçbir alakası yoktur. Şöyle ki: Menakıbü’l-Arifin adlı eserde bu medresenin, Selçukluların Larende Subaşısı Emir Musa tarafından Bahaüddin Veled’in talebi üzerine yapıldığı yazılı olduğu gibi, gerek Ankara Tapa Kadastro Kuyud-i Kadime Arşivi ve gerek ise Osmanlı Arşivi’ndeki vakıf kayıtlarında, Karaman Emir Musa Medresesi’nin bânisinin Hüseyin oğlu İsa oğlu Emir Musa (Emir Musa bin İsa bin Hüseyin) olarak kayıtlıdır. (Doğan Koçer bilgilendirmesi)