İlk yerleşim Troya I döneminde (İlk Tunç Çağ I-IIa); denizden 3-5 m yüksekliğindeki kayalık alanda gerçekleşmiştir. Bunun üstünde Troya II ve Troya VI dönemleri (MÖ 2. binyıl); daha üstte ise MÖ 7-4. yüzyıla tarihlenebilecek yerleşimlerin sıralandığı belirtilmektedir [Akurgal 1983:13].

1949 yılında höyüğün ilk yerleşimlerini saptamaya yönelik “E” açmasında üç yapı katı halinde tarihöncesi tabakalara inilmiştir. 2. yapı katında; altta taştan üstte kerpiçten yapılmış yapılara ait duvarların ana kaya üzerinde oturtulduğu ortaya çıkarılmıştır [Akurgal 1950:lev.Ia]. Bu yapı duvarlarının ve tabanlarının birkaç cm kalınlığında ince sıvanmış olduğu belirtilmektedir [Akurgal 1950:4]. Çanak Çömlek: Bayraklı’nın bu alt tabakalarında Troya I ve II dönem yerleşmelerinin yalın ve bezemeli parçalarının var olduğu bildirilmektedir [Akurgal 1950:3-4].

Tay – Bayraklı