Kudrettin Camii (önceden Agios Philippos Kilisesi), Komnenoslar döneminde, 1349–1390 yılları arasında İsa’nın havarilerinden Agios Philippe’in hatırasına ithafen inşa edilmiştir. Üç evreli bir inşa süreci geçiren yapı, başlangıçta tek nefli kubbeli bazilikal plan düzenine sahip küçük bir şapel niteliğinde yapılmıştır. İlk evresinde doğu yönünde tek bir apsis bulunmakta, batı yönündeki dar narteks bölümü ise daha sonra naosa dâhil edilmiştir. Kadın bir bani tarafından yaptırıldığı düşünülen bu ilk yapı, aynı zamanda mezar şapeli olma olasılığıyla da dikkat çekmektedir.

Yapının ikinci evresi 1461 yılına, yani Trabzon’un Osmanlılar tarafından fethinden sonraya tarihlenmektedir. Bu dönemde, Panagia Chrysokephalos Kilisesi’nin piskoposluk merkezi olarak kullanılmasının ardından, Kudrettin Camii’nin bulunduğu yapı yeni piskoposluk kilisesi olarak belirlenmiştir. Aynı yıllarda batı cephesine, orijinal şapelin kütlesi büyüklüğünde tonoz örtülü dikdörtgen bir mekân eklenmiş; böylece yapı genişletilmiştir. Bu evrede, Doğu Anadolu ve Van Havzası Hristiyan dini mimarisinde görülen biçimde, yüksek kasnaklı ve basık bir kubbe kullanılarak orijinal kubbe değiştirilmiştir.

Üçüncü evre ise yapının camiye dönüştürüldüğü 1665 yılına karşılık gelmektedir. Bu dönemde kuzey cephesini tamamen kapsayacak biçimde, esas yapı kütlesi büyüklüğünde bir son cemaat yeri eklenmiştir. İlk evreye ait narteksin güney yönündeki giriş bölümü kapatılarak mihraba dönüştürülmüş, apsisin kuzeydoğu duvarına ise bir minare ilave edilmiştir.

Yapının minaresinde, şerefesinin kuzey cephesinde yer alan iki madolyon içinde “Maşallah” yazısı bulunmakta ve bu yazıların yanında 1296 H (1852 M) tarihi okunmaktadır. Bu tarih, yapının onarımına işaret etmektedir.

Bu kilisenin etrafında gelişen Ayafilbo Mahallesi (günümüzde Esentepe Mahallesi), adını buradan almıştır.