Günümüze ulaşamamış medrese, kitabesine göre 1344-1345 yılında Muzafferüddin Mustafa Bey tarafından yaptırılmıştır. Medresenin konumu tam olarak tespit edilemese de Burdur Ulu Camii civarında olduğu tahmin edilmektedir. Medresenin inşa kitabesi Burdur Müzesinde muhafaza edilmektedir.