Kayseri Arkeoloji Müzesi, ilk olarak 1930 yılında Mahperi Hunat Hatun Medresesi’nde açılmıştır. Bu dönemde, Kayseri Lisesi’nde toplanan eserler, 1 Mart 1930’da ziyarete açılan bu mekânda sergilenmeye başlanmıştır. Ancak artan eser sayısı ve sergileme alanının yetersizliği nedeniyle yeni bir müze binasına ihtiyaç duyulmuştur. 1965 yılında, Melikgazi ilçesindeki Kışla Caddesi üzerinde yeni bir müze binasının inşasına başlanmış ve 26 Haziran 1969’da hizmete açılmıştır. Bu bina, uzun yıllar boyunca Kayseri ve çevresinden toplanan arkeolojik eserlerin sergilendiği önemli bir merkez olmuştur.

Zamanla müzenin mevcut binası, artan eser sayısı ve modern sergileme ihtiyaçlarına cevap veremez hale gelmiştir. Bu nedenle, 2012 yılında Kültür ve Turizm Bakanlığı ile Kayseri Büyükşehir Belediyesi’nin ortak kararıyla müzenin Kayseri Kalesi’nin içine taşınması planlanmıştır. Restorasyon çalışmaları ve yeni müze binasının inşası tamamlandıktan sonra, 19 Ekim 2019 tarihinde müze yeni yerinde ziyaretçilere kapılarını açmıştır.

Kayseri Arkeoloji Müzesi, Kalkolitik Çağ’dan Osmanlı dönemine kadar uzanan geniş bir zaman dilimine ait eserleri barındırmaktadır. Özellikle Kültepe Kaniş/Karum kazılarından elde edilen Asur Ticaret Kolonileri Çağı’na ait çivi yazılı tabletler, Hitit dönemine ait steller ve heykeller, Helenistik ve Roma dönemlerine ait lahitler ile Bizans dönemine ait çeşitli eserler müzenin önemli koleksiyonları arasında yer almaktadır.