Atatürk’ün Selanik’te doğduğu evin bir röprodüksiyonu olan Atatürk Evi, zemin artı 2 kat olmak üzere 3 sergi katından oluşmaktadır. Müzenin zemin katında Atatürk ve Çocuk, Atatürk’ün Balıkesir Ziyaretleri, Kütüphane ve Özçekim Odası yer alırken, birinci katında Atatürk ve Milli Mücadele, Atatürk ve Devrimleri, Atatürk’ün Doğa Sevgisi bölümleri yer almaktadır. Müzenin son sergi katında Şehitler Anı Alanı, Son Kurşun Koleksiyonu Sergisi, Balıkesir ve Kuva-yı Milliye Odası ve Gösterim Odası bulunmaktadır.