Biga Çarşı Camii’nin ilk olarak 15. yüzyılda Gazi Umur Bey tarafından inşa ettirildiği bilinmektedir. Yapı, bir dönem büyük bir yangın geçirerek hasar görmüş. Bazı kaynaklara göre, yangın sonrası onarım görerek 1911 senesinde tamamlanmıştır. Bu onarımda caminin Kayserili Mehmet Sadık Usta tarafından restore edildiği de belirtilmektedir.
Caminin kitabesinden, mimarının Gelibolulu Tahsin Ağa olduğu anlaşılmakta ve 1911 yılında inşa edildiği bilgisi yer almaktadır. Caminin marangozluk işlerini ise aslen Gelibolulu olup Biga’ya yerleşen marangoz Osman Çavuş (Osman Kandemir) yapmıştır. Caminin minaresi, bir Hristiyan olan Rum Hristo tarafından inşa edilmiştir.