Külliye yapılarından imaretin ahırları 985 (1577) depreminde hasar görmüş ve onarılmış, 1897 depreminde ise yapı yıkıldıktan sonra tekrar inşa edilmemiş, yerine bugünkü Vakıf Hanı yapılmıştır.

Kaynak: https://islamansiklopedisi.org.tr/zaganos-pasa-kulliyesi