Nişancı Mehmet Paşa Medresesi, 1718 yılında Erkiletli Hacı Ali Ağa’nın oğlu Muhammed Mehmet Paşa tarafından, Nişancı Mehmet Paşa Camii’nin kuzeyine altı odalı olarak yaptırılmıştır.
Medrese günümüzde mevcut değildir. Ancak caminin avluya giriş kapısının devamında, medrese duvarına ait olduğu düşünülen kalıntıların üzerine yakın tarihte bir yapı inşa edilmiştir. Bu kalıntıların medreseye ait olduğu düşünülmektedir. Burada bir medresenin bulunduğu, Mehmet Paşa’nın vakfiyesinde de zikredilmekte; müderris ve öğrencilere ne kadar maaş verileceği açıkça belirtilmektedir.
Nişancı Mehmet Paşa’nın kurduğu kütüphanenin de muhtemelen bu medresede yer aldığı düşünülmektedir. Uzun yıllar halkın faydalandığı kütüphanenin kitapları zamanla dağılmış, bir kısmı 18 Nisan 1917 tarihinde Raşit Efendi Kütüphanesi’ne nakledilmiştir. Şahısların eline geçen bazı eserler ise ilerleyen yıllarda Kayseri Müzesi tarafından satın alınarak muhafaza altına alınmıştır.