Mehmet Şakir Paşa Medresesi, kitabesine göre 1899 yılında Mısırlı Mehmet Şakir Paşa tarafından inşa ettirilmiştir. İki katlı olarak kurgulanan yapı, asimetrik ve açık avlulu plan şemasına sahiptir. Doğu ve batı yönleri arasında belirgin kot farkı bulunduğundan medrese kademeli bir düzenle inşa edilmiştir; doğudan batıya kot düşmekte, böylece iki katlı bir bölüm ortaya çıkmaktadır. Batı cephesinde yer alan anıtsal portalden açık avluya geçilmekte, avlu ise kuzey ve doğu cephe boyunca uzanan altı kemerli revakla çevrilmektedir. Bu revakların gerisinde medrese odaları sıralanır.
Yapının en dikkat çekici unsuru, dönemin mimarîsinde nadir görülen bir ihtişama sahip olan taç kapısıdır. Bölgedeki taş oyma ustalığının zirvesi niteliğindeki bu kapı, bitkisel kabartma motifleriyle bezenmiş çift kanatlı ahşap kapının etrafında kademeli kemerler, sütunceler ve yoğun bir süsleme programıyla dikkat çeker. Duvar yüzeyleri geometrik ve bitkisel kabartmalarla işlenmiş, kitabe ise bağımsız bir estetik öğe gibi ele alınarak süsleme bütünlüğü içerisine yerleştirilmiştir.
Portaldeki kemerlerden birinin dayandığı, korint tarzı başlıklara sahip sütunceler hem estetik hem de işlevsel bir özellik taşır. Döner formlu olmaları, yapının dengesine ve sağlamlığına ilişkin önemli ipuçları sunar. Plan bakımından 16. yüzyıl medreselerinin düzenini izleyen yapı, süsleme açısından 19. yüzyılın barok ve rokoko etkilerini yansıtır. Selçuklu ve Beylikler devrindeki görkemli bezeme anlayışı burada yeniden yorumlanmış, ancak formlarda dönemin karakteristik üslubu öne çıkmıştır. Genel süsleme programı taç kapı dışında sadelik göstermekte, ön cephedeki mermere işlenmiş Osmanlı tuğrası ise 20. yüzyılın erken dönem tuğralarıyla benzerlik arz etmektedir.
Zamanla farklı işlevlere uyarlanmış olan medrese, konak, askerî birlik ve halı mağazası olarak kullanılmıştır. Günümüzde ise Kapadokya Üniversitesi’nin eğitim binası olarak hizmet vermekte, böylece kuruluş amacına uygun biçimde eğitim işlevini sürdürmektedir.