Ziyaiye Medresesinin inşa edildiği dönemde otuz dört hücresi bulunmakta olup, bu yönüyle Konya’nın en büyük medresesi olma özelliğini taşımaktaydı. Ulvî Sultan Mescidi’nin kuzeyinden Şerafeddin Camii’nin batı tarafına ve Mahkeme Hamamı’nın güneyine kadar uzandığı, eski fotoğraflardan net bir şekilde görülmektedir. 1813 yılında dönemin Konya müftüsü Eşenlerlizade Seyyit Abdurrahman Efendi tarafından yaptırılan medrese, devrinin ilim anlayışını ve mimarî estetiğini bir araya getiren önemli bir yapıydı. Ortasında bir bahçe, çevresinde dört yöne yerleştirilmiş odalarla planlanan medrese, içeri girenlere ferahlık veren bir düzene sahipti. Kesme taş malzeme kullanılarak inşa edilen yapı, dönemin sade ama sağlam mimari anlayışını yansıtmaktadır.

Medresenin beyaz mermer üzerine iki uzun satır hâlinde hakkedilmiş üç beyitlik tarih kitabesi günümüzde Mevlâna Müzesi’nde muhafaza edilmektedir. Yazı işçiliği zarif bir hat sanatı örneği olup, müftünün yapıyı ihlâs ve hayır niyetiyle inşa ettirdiğini vurgular. Medresenin kendi mescit ve dershanesi de bulunmaktaydı. Yaklaşık 3.888 zira’lık geniş bir alanı kaplayan yapı, Konya şehir merkezindeki en görkemli eğitim kurumlarından biri olmuştur.

Zamanla medresenin müştemilatında değişiklikler meydana gelmiştir. 1848’de on beş odası bulunan yapı, 1877’de altı odaya düşmüş, ardından otuz ikiye yükselmiştir. Bu durum, medresenin geçirdiği onarım ve yeniden yapılanma süreçlerini yansıtır. Vakfiyesi günümüze ulaşmamış olsa da, kurucusu Abdurrahman Efendi’nin yapının sürdürülebilirliği için dokuz dükkân vakfettiği bilinmektedir. 1926 yılına ait kayıtlara göre medresenin geliri 1.600 kuruştur. Eğitim açısından seçkin bir düzeye ulaşan Ziyaiye, 19. yüzyılın sonlarında Konya’nın “Darülfünunu” olarak anılmış; disiplinli eğitim anlayışı, üst seviye talebe seçimi ve düzenli iç yaşamıyla dönemin gözde ilim merkezlerinden biri hâline gelmiştir.

Yaklaşık yüz on yıl boyunca sağlamlığını koruyan kesme taş yapısı, 1924 yılında yıktırılarak arsaya dönüştürülmüştür. Yıkım sırasında yapılan yol çalışmaları esnasında, Şerafeddin Camii’ne bitişik Selçuklu devri türbesiyle birlikte Ziyaiye’nin ilk müderrislerinden İsa Efendi’nin mezarı da ortadan kaldırılmıştır. 1926’da hazırlanan tapu kayıtlarına göre medrese arsası 1.888,41 metrekare olarak belirlenmiş ve 20.000 lira kıymet biçilmiştir. Günümüzde Ziyaiye Medresesi’nden herhangi bir mimari kalıntı bulunmamakta; ancak tarihî kaynaklarda ve Konya halkının hafızasında, bir dönem şehrin en büyük ilim ve eğitim merkezi olarak yaşamaya devam etmektedir.