Beylerbeyi Mustafa Paşa Camii, 1571 yılından sonra ve 20 Ocak 1616 tarihinden önce inşa edilmiştir. Yapı, Van şehrinde sur içinde, Mustafa Paşa’nın evinin yakınında yaptırılmıştır. Vakfiye kayıtlarına göre cami sağlam, dört köşe duvarlara sahip, kârgir bir bina olup birden fazla kubbesi bulunmaktadır ve minaresi yoktur. Yapının muhteşem bir yapı olduğu belirtilmiştir. Caminin mimarının kim olduğu bilinmemektedir. Yapının yeri kesin olarak tespit edilememiş, ancak Hüsrev Paşa Camisi civarında olduğu ifade edilmiştir. Evliya Çelebi’nin 1655 yılında camiden bahsetmemesi, 1646 yılında meydana gelen depremde caminin yıkılmış veya ağır hasar görmüş olabileceği ihtimalini ortaya koymaktadır.

Caminin banisi Mustafa Paşa, XVI. yüzyılın sonlarında Van Beylerbeyi olarak görev yapmıştır. Kimliği ve görev süresi hakkında kesin bilgi bulunmamaktadır. 1571 tarihli Van Evkaf Tahrir Defteri’nde vakfın yer almaması, vakfın bu tarihten sonra tesis edildiğini göstermektedir. 1590–1597 yılları arasında Van Beylerbeyliği görevinde bulunan iki Mustafa Paşa bulunmakta olup camiyi hangisinin yaptırdığı kesin olarak bilinmemektedir. Camiyi yaptıran Mustafa Paşa’nın cenazesi Van şehrine defnedilmiştir.

Mustafa Paşa, caminin giderlerini karşılamak amacıyla zengin vakıflar bağışlamış ve vakfiyesini 20 Ocak 1616 tarihinde düzenletmiştir. Vakıf muhasebe kayıtlarına göre tuzla gelirleri sayesinde her yıl gider fazlası elde edilmiştir ve vakıf orta ölçekli bir vakıf görünümündedir.

Vakfın mütevelli görevi Mustafa Paşa’nın nesline şart koşulmuştur. Mütevellilik önce oğlu Hasan Bey’e, ardından onun soyuna bırakılmıştır. Mütevellilik zaman içinde aile içinde ihtilaflara konu olmuştur. 1141 / 1729 yılında Ebubekir’e mütevellilik beratı verilmiş, daha sonra görev Hasan soyundan Hüseyin’e verilmiş ve 1143 / 16 Ekim 1730 tarihinde tekrar tevcih edilmiştir. 1150 / 18 Şubat 1738 tarihinde Hüseyin’e yeniden berat verilmiştir. Daha sonraki kayıtlarda 1237 / 1821-1822 yılında es-Seyyid Hüseyin, 1259 / 23 Haziran 1843 tarihinde Musa Derviş Halife, 1261-1264 / 1845-1848 yıllarında Seyit bin Fazıl ve 1277 / 12 Mart 1862 tarihinde es-Seyyid Hüseyin mütevelli olarak kaydedilmiştir.

Vakfiye şartlarında caminin bakım ve onarımının yapılması, görevlilerin maaşlarının düzenli ödenmesi, vakıf mallarının satılmaması ve vakfa dış müdahale edilmemesi şart koşulmuştur. Vakıf gelirlerinin öncelikle cami ihtiyaçlarına sarf edilmesi gerektiği belirtilmiştir.