Orhan Gazi (1281-1360) 1326 yılında Bursa’yı fethettikten sonra ilk olarak Saint Ellie Manastırı’nı medreseye çevirmiş, bu nedenle Manastır Medresesi adını almıştır. Tophane semtindeki medresenin 1335 tarihinde, Orhan Gazi Türbesi’nin bitişiğinde yapıldığı düşünülmektedir.

Manastıra ait kalıntılar, Orhan Gazi Türbesi zemin döşemelerinde görülebilmektedir.

Zamanla birçok tamirat geçiren fakat günümüze ulaşamayan yapı, Vali Ahmed Vefik Paşa tarafından 1864 yılında onarılmış, akabinde Osman Gazi Türbesi’nin bitişiğindeki ilkokulun (Tophane İlkokulu) olduğu yere naklolmuştur. (Kaynak: XVI. Asır Bursa Medreseleri – Mefail Hızlı, sh. 31-32)