Mustafapaşa Ulu Cami, kitabesinde yer alan bilgiye göre 1601 yılında inşa edilmiştir; ancak kesin yapım tarihi tam olarak bilinmemektedir. Yapının Niğde Sancağı Merkez Kasabası Asar–ı Atika Defteri’nde El-Hac İbrahim tarafından yaptırıldığı kayıtlıdır.

Cami yığma tekniğiyle inşa edilmiş olup kırma çatılı ve dikdörtgen planlıdır. Harim, sivri beşik tonozla örtülü iki sahından meydana gelirken, doğu yönünde beşik tonozlu bir kışlık mekân bulunmaktadır. Harimin kuzeyinde ise birbirinden bağımsız iki galeri katı yer almaktadır. İç mekânda mermerden yapılmış mihrap ve taş minber dikkat çeker.

Yapının iki minaresi vardır. Bunlardan ilki, harimin güneydoğu köşesinde konumlanan köşk minaredir ve caminin özgün unsurlarından biri olarak kabul edilmektedir. Minareye dışarıdan dik bir merdivenle çıkılmakta olup, dört sütun üzerine oturan sivri kemerlerle çevrili dairesel bir üst örtüye sahiptir. Bunun üzerinde, yan duran hilal alemiyle taçlanan altıgen kübik külah yer almaktadır. Bu tür minareler, minbere benzerlikleri dolayısıyla “minber minare” olarak da adlandırılır ve Kapadokya bölgesinde özellikle 19. yüzyılda inşa edilen birçok camide örneklerine rastlanır. Caminin ikinci minaresi ise 1976 yılında eklenen modern yapıdır.